Нужно исправить файл /etc/xdg/QtProject/qtlogging.ini или создать его, если он отсутствует.
Содержимое должно быть таким:
[Rules]
*.debug=true
qt.*.debug=false
После пересборки приложения все будет работать.
Тестовое приложение:
#include <QDebug>
int main(int argc, char *argv[])
{qDebug() << "hello, qDebug";
}